I tre tipi più comuni di membrane di trasferimento utilizzate per il rilevamento del trasferimento di proteine e acidi nucleici sono le membrane di nitrocellulosa, le membrane di fluoruro di polivinilidene (PVDF) e le membrane di nylon. Le membrane di nitrocellulosa sono una matrice comunemente utilizzata nel blotting delle proteine grazie alla loro elevata affinità di legame con le proteine e alla compatibilità con vari metodi di rilevamento. La capacità di legame proteico delle membrane di nitrocellulosa è di 80-100 µg/cm² e l'immobilizzazione delle proteine avviene principalmente attraverso interazioni idrofobiche. Le membrane di nitrocellulosa sono fragili e fragili, il che ne limita l'uso per la delabeling e la rietichettatura.
Le membrane di polivinilidene fluoruro (PVDF) hanno un'elevata affinità di legame sia per le proteine che per gli acidi nucleici. Le membrane in PVDF sono altamente idrofobiche e devono essere pre-bagnate con metanolo o etanolo prima dell'immersione nel tampone di trasferimento. La capacità di legame proteico delle membrane in PVDF è di 170-200 µg/cm². Rispetto alla nitrocellulosa, le membrane in PVDF sono meno fragili e fragili, hanno una migliore resistenza meccanica e stabilità chimica e sono adatte per esperimenti di Western blotting che richiedono fasi di delabeling e rietichettatura. A causa della loro idrofobicità, le membrane in PVDF sono la scelta preferita per le proteine idrofobiche.
Le membrane in nylon legano proteine e acidi nucleici attraverso interazioni ioniche, elettrostatiche e idrofobiche. La capacità legante delle proteine delle membrane in nylon può raggiungere i 480 µg/cm². Le membrane in nylon mostrano un'elevata durabilità, offrendo vantaggi negli esperimenti di Western blotting che richiedono procedure di delabeling e rietichettatura. Uno svantaggio significativo dell'utilizzo delle membrane in nylon per le applicazioni di blotting è il potenziale legame non-specifico con gli anioni.